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如果在尝试注册12306账号时发现已被注册，可能有以下几种情况。
1、您的手机号码或者邮箱已经被其他人用于注册账号，这种情况下，您可以尝试使用其他手机号码或者邮箱进行注册。
2、您的个人信息可能已经被泄露，有人冒用您的身份信息进行注册，如果是这种情况，建议您及时更换账号注册信息并加强个人信息保护，也可以尝试联系铁路客服进行进一步咨询和处理。
至于系统如何提示注册过，通常会有相应的错误提示信息，如“该手机号已被注册”、“该邮箱已被使用”等，如果您遇到这种提示，可以尝试上述解决方法，如果您不确定具体原因，也可以联系客服寻求帮助。
在注册时如果遇到其他问题，也可以查看官网的注册须知或者常见问题解答，了解更多注册细节和要求。